Jan urodził się w Betsaidzie, potem został uczniem św. Jana Chrzciciela. Dzięki świadectwu Prekursora jako pierwszy wraz z bratem przyłączył się do Jezusa. Wraz z Piotrem, Filipem i Natanaelem był obecny z Jezusem i Jego Matką na godach w Kanie Galilejskiej. Potem, wydaje się, powrócili do domu. Następnie powołał ich już na zawsze sam Jezus, przechodząc brzegiem Jeziora Galilejskiego, kiedy wraz z ojcem naprawiali sieci. Jak przypuszcza św. Ambroży w Komentarzu do Ewangelii św. Łukasza (23,49), św. Jan miał wówczas 22 lub 25 lat i był najmłodszy w gronie Apostołów. Kiedy Chrystus po całonocnej modlitwie wybrał dwunastu (Łk 6,12) i ustanowił ich Apostołami, podobnie jak Szymonowi dał imię Piotr, tak synów Zebedeusza nazwał Boanerges, tzn. Synami Gromu. Zmiana imienia w Izraelu oznacza nowe powołanie do wypełnienia ustanowionej przez Boga misji.

Gorliwość i porywczość charakteru zapisana na kartach Ewangelii ujawniła się w wielu zdarzeniach z życia św. Jana. I tak z bratem Jakubem chciał rzucić ogień z nieba na Samarytan, którzy nie przyjęli Jezusa (Łk 9,51-54); zabraniał człowiekowi, który nie był uczniem Jezusa, wypędzać złe duchy w Jego imię (Łk 9,49-50); na pytanie Jezusa, czy może wypić kielich, który On sam pije, prędko i stanowczo odpowiedział; możemy. W późnym zaś wieku, kiedy spotkał w łaźni heretyka Cerynta, jak opowiada św. Ireneusz, uczeń św. Polikarpa, który znal osobiście św. Jana, „uchodźmy stąd, zawołał, aby się na nas mury nie zawaliły, gdyż znajduje się tu wróg prawdy".

Oprócz zapału Jan odznaczał się taką miłością i przywiązaniem do Zbawiciela swym dziewiczym sercem (o tym, że był bezżenny, świadczą jednomyślnie prawie wszyscy Ojcowie i pisarze kościelni), że go Jezus kochał najbardziej. Wraz z Piotrem i Jakubem był wybrany na świadka kilku nadzwyczajnych cudów, jak wskrzeszenie córki Jaira i przemienienie Pańskie na górze Tabor. Sam też w Ewangelii nazywa siebie uczniem, którego Jezus miłował (J 13,23; 19,26; 20,2; 21,7). Widząc tę miłość, Salome, matka Jana i Jakuba, prosiła Pana o zaszczytne miejsce dla synów w Jego królestwie (Mt 20,20-24).

Jak Jezus kochał św. Jana. pokazał podczas Ostatniej Wieczerzy, gdy mu pozwolił spoczywać na piersi. A kiedy Jezus powiedział,że ktoś Go zdradzi (J 13,21), Piotr skinął na Jana, aby ten się dowiedział, o kogo chodzi.

I chociaż jak pozostałych Apostołów w ogrodzie Getsemani opanował go sen, to jako jedyny podążył za Mistrzem najpierw do domu arcykapłana, gdzie dzięki swym znajomościom został wpuszczony wraz z Piotrem do przedsionka, a kiedy i Piotr zaparł się Jezusa, Jan jako jedyny spośród Apostołów stanął pod krzyżem Zbawiciela. W żywocie św. Anieli z Foligno możemy przeczytać, co zostało jej objawione: że ból św. Jana stojącego trzy godziny pod krzyżem Zbawiciela i patrzącego na ból ukochanego Mistrza i Jego Matki był tak wielki, iż można go odtąd nazywać więcej niż męczennikiem. Pod krzyżem wypił ten sam kielich co Zbawiciel, który dał mu najwyższy dowód zaufania, ofiarując Maryję (a z nim nam wszystkim) za Matkę i powierzając go (i z nim nas wszystkich) swej Matce (J 19,26-27). Testament umierającego Jezusa Jan wypełnił aż do chwili chwalebnego wniebowzięcia Maryi, które nastąpiło najprawdopodobniej w Jerozolimie.

Po zmartwychwstaniu Jezusa, kiedy Maria Magdalena zawiadomiła uczniów, że zastała pusty grób, św. Piotr ze św. Janem zaraz tam pobiegli, aby się naocznie o tym przekonać. Jan jako młodszy wyprzedził Piotra, ale dopiero za nim wszedł do grobowca. Jak sam mówi: ujrzał i uwierzył (J 20,8), podczas gdy św. Piotr i reszta Apostołów wątpili, dopóki nie ukazał się im zmartwychwstały Zbawiciel. Św. Jan też jako pierwszy poznał Zbawiciela, gdy po zmartwychwstaniu ukazał się uczniom w Galilei (J 21,7).

Po zstąpieniu Ducha Świętego Piotr i Jan pierwsi dokonali cudu, gdy w imię Jezusa ukrzyżowanego uzdrowili chromego od urodzenia. Wkrótce też z powodu przepowiadania Chrystusa zmartwychwstałego zostali aresztowani i wtrąceni do więzienia (Dz 4,19-20). Wypuszczeni, wrócili do braci, wielbiąc Boga, że pozwolił im cierpieć dla imienia Jezusa. Wkrótce potem Jan został ponownie osadzony w więzieniu i ubiczowany (Dz 5,18; 5,40). Po pewnym czasie Apostołowie wysłali go razem z Piotrem do Samarii (Dz 8,14), aby tam udzielili Ducha Świętego nowo nawróconym.

Kiedy św. Paweł z Barnabą i Tytusem po raz drugi przybyłi do Jerozolimy, znaleźli tam św. Piotra, św. Jakuba i św. Jana filary Kościoła (Gal 2,9). W tym samym roku (51 po Chrystusie) Jan uczestniczył w pierwszym synodzie, niesłusznie czasem zwanym soborem, który Apostołowie zwołali w Jerozolimie. Po wniebowzięciu Maryi (wersja o pobycie Maryi w Efezie jest mało prawdopodobna) św. Jan udał się do Azji Mniejszej, gdzie przepowiadał Dobrą Nowinę. Po założeniu Kościołów w Smyrnie, Pergamonie, Tiatyrze, Sardes, Filadelfii i Laodycei (jak wnosimy z Apokalipsy) osiadł w Efezie, gdzie biskupem był wówczas św. Tymoteusz, uczeń św. Pawła. Musiało to być jednak już po męczeństwie Apostoła Narodów, gdyż ten ostatni nic czyni żadnej wzmianki na ten temat w listach. Być może w tym okresie św. Jan głosił Ewangelię w dalekich krajach, jak chcą niektóre źródła u Partów w Persji.

Po powrocie do Efezu i po śmierci św. Tymoteusza w 96 roku na prośbę wiernych św. Jan przejął rządy Kościoła efeskiego.

Za cesarza Domicjana został aresztowany przez azjarchę, czyli prokonsula Azji, i odesłany do Rzymu, gdzie przy bramie prowadzącej do Lacjum, zwanej Porta Latina, wrzucono go do kotła z wrzącą oliwą. Jak piszą zgodnie św. Hieronim (Przeciw Jowinianowi 1,25 oraz w Komentarzu do Ewangelii św. Mateusza 20,23) i Tertulian (Depraescriptione haereticorum 36), św. Jan nie tylko cudem uniknął śmierci czy poparzenia, ale wyszedł z tej „kuracji" żwawszy i silniejszy niż przedtem. Choć święto na tę pamiątkę obchodzone w Rzymie 1 maja było już znane w czasach papieża Grzegorza Wielkiego, to współczesna krytyka zupełnie ten rzekomy cud odrzuciła.

Coś w tym musiało jednak być, skoro jak podają zgodnie kard. Cesare Baronio wDziejach Rocznych Kościoła (Annales Ecclesiastici Ad annum 92, nr 3) czy Ruinart (Acta Martyrum) to cudowne ocalenie poganie przypisali czarom i dlatego przesądny cesarz Domicjan zesłał św. Jana na wyspę Patmos, gdzie został skazany ad metalla, czyli na pracę w kopalni. Tam też, jak głosi lokalna tradycja na Patmos, miał podyktować zarówno tekst czwartej Ewangelii, jak i Apokalipsę swemu sekretarzowi Prochorowi, jednemu z siedmiu diakonów (Dz 6,5).

Za panowania Nerwy (por. Euzebiusz z Cezarei,Historia kościelna 111,20) św. Jan powrócił do Efezu, gdzie pracował jeszcze, jak wynika z przechowanego u Euzebiusza z Cezarei pisma Polikratesa z Efezu, dla dobra Kościołów Małej Azji przez 30 lat.

Z tego okresu jego apostolatu zachowało się kilka wzruszających przekazów. Kiedy jeden z młodzieńców, powierzony przez św. Jana pewnemu biskupowi, pod wpływem złego towarzystwa został hersztem bandy rozbójników i stal się postrachem okolicy, św. Jan udał się sam na pustynię, odszukał go i dopóty za nim chodził, dopóki go nie przyprowadził do pokuty, o czym zgodnie opowiadają Klemens Aleksandryjski (Qtiis dires salvetur 42) i św. Jan Chryzostom (Paraen./ad Tlied. laps. 16), patriarcha Konstantynopola.

Kiedy św. Jan był już w bardzo sędziwym wieku, kazał się nosić na zebrania wiernych i nie mogąc już głosić dłuższych kazań, powtarzał jedynie słabym, starczym głosem: „Synaczkowie, miłujcie się nawzajem". A kiedy pewnego razu niektórzy z wiernych, znudzeni tym ciągłym powtarzaniem, sądzili, że z powodu wieku Apostoł nic już więcej nie potrafi powiedzieć, zapytali go: „Ojcze, dlaczego nam to samo powtarzasz? św. Jan odpowiedział: „Ponieważ to jest przykazanie Pańskie i kto je zachowuje, czyni dosyć".

WedługHistorii kościelnej Euzebiusza z Cezarei (111,31) św. Jan zmarł w Efezie w trzecim roku panowania cesarza Trajana (100 lub 101 po Chrystusie), licząc przeszło 100 lat.

Miejsce grobu św. Jana otacza tajemnica, jakkolwiek św. Hieronim (wDe viris illustris) twierdzi, że jego grób znajdował się w pobliżu Efezu. Inni pokazują go w samym mieście, są to jednak tylko pobożne legendy.

Inna tradycja głosi, że św. Jan zaraz po śmierci z duszą i ciałem został wzięty do nieba. podobnie jak Matka Najświętsza. Tę tradycję wyznają zarówno św. Ambroży, jak i św. Hieronim, dając wyraz swemu przekonaniu w komentarzach biblijnych. Tradycja ta jest bardzo silna na Wschodzie, gdyż Koptowie obchodzą uroczystość Wniebowzięcia św. Jana 29 września.

W ikonografii symbolem św. Jana jest orzeł, gdyż jak mówi największy Doktor Kościoła Zachodniego, św. Augustyn, w swym zaiste monumentalnym Komentarzu do Ewangelii,viv.Jana VIII (36,1): „...św. Jan (...) przyrównywa się do orła, wyżej bowiem i wznioślej od trzech innych podniósł opowiadanie swoje, a podniesieniem tym i serca nasze chciał podnieść. Trzej bowiem inni Ewangeliści. jakby przestają z człowiekiem Chrystusem i o bóstwie Jego niewiele mówili; ten zaś, jak gdyby przykro mu było po ziemi chodzić. od początku zaraz wzniósł się nie tylko ponad ziemię, lecz nadto ponad wszystkie chóry niebieskie i dotarł do Tego, przez którego wszystko zostało uczynione, mówiąc: Na początku było Słowo..."