Obrzęd zwano chrztem ku pokucie lub chrztem Janowym (od greckiego słowa baptizein – „zanurzać”). Chrzest nawrócenia poprzedzało wyznanie grzechów.

Dane zawarte w Ewangeliach potwierdza w znacznej mierze opis Jana Chrzciciela zawarty w pismach żydowskiego historyka Józefa Flawiusza. Pisał on pod koniec I wieku po Chrystusie, a wzmianka o św. Janie znajduje się w kontrowersyjnym do dziś ustępie zwanym testimonium flavianum (Dawne dzieje Izraela, XVIII, 63–64). Znamienne, że Józef Flawiusz określa św. Jana jego najbardziej znanym przydomkiem „Chrzciciel” (por. Mk 1,4) i podaje informacje na temat udzielanego przez niego chrztu. Według historyka chrzest Janowy nie służył przebłaganiu za grzechy, lecz oczyszczeniu ciała tych, którzy już wcześniej oczyścili duszę sprawiedliwością. To tłumaczenie jest wyraźnie związane z tradycjami judaistycznymi, a nie z tradycją chrześcijańską, co przemawiałoby jednak za autentycznością testimonium. Pogląd ten nie zgadza się jednak z tym, o czym wiemy z Ewangelii. Według niej Jan Chrzciciel słuchaczom swoich nauk po przyjęciu chrztu pokuty i nawrócenia zalecał powrót do codzienności, ale z radykalnym odwróceniem się od zła, tak aby lepiej żyli w swoim środowisku. Byli jednak i tacy, którzy usłyszawszy od Jana słowa zapowiedzi nadejścia Syna Bożego (o czym z oczywistych względów Józef Flawiusz nie wspomina) i związanego z tym sądu Bożego, zostali jego uczniami, dając w ten sposób początek ruchowi, który sięgnął aż po Azję Mniejszą (Dz 19,1–4) i który istniał jeszcze po 200 roku po Chrystusie. Uczniowie Jana przyjęli surowy styl życia swego mistrza (Łk 7,33). Józef Flawiusz natomiast pozostawił w swoich pismach tylko obraz Jana Chrzciciela jako filozofa, gdyż nie chciał rozbudzać mesjańskich oczekiwań współczesnych. Zakończył relację informacją o uwięzieniu i straceniu Jana Chrzciciela przez Heroda Antypasa.

Jan Chrzciciel rozpoczął działalność na pustkowiu położonym na wschód od Jerozolimy. Tu także Jezus po chrzcie Janowym był kuszony przez złego ducha. Okolice dolnego biegu Jordanu i jego ujścia w północnej części Morza Martwego to półpustynny step, na którym pasterze wypasają stada i gdzie Jan Chrzciciel mógł znaleźć szarańczę i miód dzikich pszczół (Mt 3,4 i par. ). Były to obszary wystarczająco nawodnione, by mogło się na nich rozwinąć prymitywne rolnictwo.

Od 1947 roku, czyli od czasu odkrycia zwojów znad Morza Martwego, które stanowiły bibliotekę esseńskiej społeczności z Qumran, położonego na wschodniej krawędzi Pustyni Judzkiej, badacze wielokrotnie stawiali sobie pytanie o wpływ esseńczyków na Jana Chrzciciela; rozważano nawet możliwość, że Jan i Jezus mogli należeć do ich wspólnoty. Według Łukasza (1,80) Jan od dziecka żył na pustyni. Przez pewien czas na pustyni mieszkał również Jezus.

Esseńczycy żyli w wielu miejscach w Palestynie, jest więc całkiem możliwe, że Jezus i Jego uczniowie mieli z nimi kontakty, chociaż w Nowym Testamencie nie ma wzmianki, która by się do nich odnosiła jednoznacznie. Ich pisma uważano za zaginione aż do czasu głośnego, zupełnie przypadkowego odkrycia w 1947 roku. Wtedy to beduiński pastuszek, szukając zaginionej owcy, znalazł dzbany pełne skrawków skórzanych zwojów zapisanych pismem hebrajskim. Okazało się, że mały Jordańczyk odkrył nad Morzem Martwym pozostałości biblioteki należącej do wspólnoty,

którą większość uczonych uznaje za esseńczyków opisanych przez Józefa Flawiusza. Jak wynika z prowadzonych już od przeszło 60 lat badań i z lektury zrekonstruowanych zwojów, wspólnotę w Qumran założył Nauczyciel Sprawiedliwości, który odsłonił prawdziwe znaczenie Pisma i zapoczątkował ostateczny okres historii. Niektórzy uczeni byli zdania, że zwoje przedstawiają Nauczyciela Sprawiedliwości jako zamordowanego i zmartwychwstałego Mesjasza, lub wręcz utożsamiali go z Jezusem. Wynikało to jednak z błędnego odczytania tekstów, z których większość pochodzi sprzed naszej ery, nie mogą zatem odnosić się do Jezusa i Jego uczniów.

Bardziej prawdopodobna byłaby hipoteza, że Jezus i Jan Chrzciciel byli członkami społeczności w Qumran lub podobnej, zanim przystąpili do realizacji własnej misji. Wspólnota w Qumran była jednak grupą zamkniętą, podczas gdy Jezus i Jan nauczali wielkie gromady i zachęcali swoich zwolenników, aby angażowali się w zmianę życia swych społeczności. Wspólnota z Qumran przywiązywała wielką wagę do ścisłego przestrzegania Prawa, podczas gdy Jezus zajmował w tym względzie postawę bardziej liberalną. Niemniej wiele idei i wyrażeń z Ewangelii ma w zwojach odkrytych w grotach nad Morzem Martwym wyraźne paralele, a to pozwala lepiej zrozumieć nauczanie Jezusa i jego żydowskie korzenie. Krótko mówiąc, społeczność esseńska z Qumran i Jezus reprezentują dwa niezależne i różne odłamy wywodzące się z judaizmu, które równocześnie korzystały z jego dorobku intelektualnego i teologicznego.

Mieszkańcy Qumran, podobnie jak Jan Chrzciciel, szczególny akcent kładli na słowa proroka Izajasza o głosie wołającego na pustyni (Iz 40,3; Mk 1,2–3 i par. ). Esseńczycy wzywali też Izraelitów do nawrócenia w obliczu nadchodzącego sądu Bożego i przywiązywali dużą wagę do rytualnych kąpieli w tradycyjnych łaźniach żydowskich zwanych mykwa. Brak jednak wyraźnego świadectwa bezpośrednich kontaktów. Wspólnota w Qumran stanowiła zaledwie część szerszego ruchu esseńczyków, którzy zresztą nie byli jedyną w Palestynie grupą praktykującą obrzęd chrztu. Także asceza Jana Chrzciciela nie była dla nich charakterystyczna. Co więcej, o ile słowa Izajasza (40,3) w odniesieniu do Jana Chrzciciela miałyby sens mesjański, to w Qumran „droga Pana” oznaczała studium Tory, czyli Prawa Mojżeszowego. Nauczanie Jana Chrzciciela kierowało się ku całemu Izraelowi, esseńczycy natomiast byli dobrowolnymi wygnańcami, zaprzątniętymi wyłącznie zagadnieniami własnej doskonałości, dzięki której mieli osiągnąć zbawienie. W Qumran obmycia i rytualne ablucje stanowiły codzienny ceremoniał służący zachowaniu rytualnej czystości, podczas gdy dla Jana chrzest był znakiem pokuty przygotowującej na Dzień Sądu.