Jeszcze wymowniej wyraził tę ideę kilka wieków wcześniej genialny Giotto na jednym z malowideł zdobiących Bazylikę św. Franciszka w Asyżu, gdzie przedstawił świętego serafickiego w symbolicznym śnie papieża Innocentego III: Franciszek barkami podtrzymuje chwiejący się Kościół w obrazie walącej się bazyliki papieskiej. Bowiem na początku swojej misji Biedaczyna z Asyżu usłyszał tajemniczy głos: „Franciszku, czy nie widzisz, że mój dom jest w ruinie? Idź i napraw go dla Mnie”.

Giovanni Bernardone przyszedł na świat w 1181 lub 1182 roku. Jego rodzice – Joanna Pica i Piotr Bernardone – mieli sklep z suknem i należeli do zamożniejszych obywateli miasta. Podanie głosi, że matka urodziła syna w stajni. Na tym miejscu jest obecnie kaplica z freskami z XIII wieku i napisem z XIV wieku: „Ta kaplica była stajnią dla wołu i osła, w której narodził się Franciszek, zwierciadło świata”. Franciszek miał nadto młodszego brata, który zmarł w trzy lata po nim (1229).

Uczęszczał do szkoły parafialnej. Jako młodzieniec pomagał ojcu w kupiectwie. Kiedy wybuchła wojna między Asyżem a Perugią, stanął w obronie rodzinnego miasta (1202). Rok przebywał w niewoli, gdzie w więzieniu nabawił się choroby. Po powrocie do domu nadal prowadził interesy handlowe ojca. Tak byłoby może do końca jego życia, gdyby nie dziwny sen. Ukazała mu się tajemnicza postać, zawołała go po imieniu i zawiodła do zamku pełnego zbroi wiszących na ścianach. Kiedy zapytał, czyj to zamek i czyje są zbroje, otrzymał odpowiedź: „To wszystko jest twoje i twoich rycerzy”. Franciszek wziął ten sen za przestrogę, że jego powołaniem nie jest kupiectwo, ale stan rycerski. Właśnie wtedy cesarz niemiecki Fryderyk II prowadził wojnę z papieżem (1202–1205) na terenie południowych Włoch. Franciszek najął giermka, kupił konia i ruszył w świat. Kiedy ujechał około 60 km, w Spoleto miał znowu sen. Usłyszał głos: „Dokąd podążasz?” i otrzymał rozkaz powrotu do Asyżu.

Pewnego dnia Franciszek usłyszał głos w kościele: „Franciszku, idź i napraw mój Kościół”. Znowu był przekonany, że głos Boży nakazuje mu naprawić kościół św. Damiana, który był w ruinie. Zostawił więc rodzinę i zaczął pracować przy odbudowie. Tego już ojcu było za wiele. Zaprowadził syna przed biskupa Asyżu Guida II (1204–1228) i urzędowo wydziedziczył. Było to w marcu albo w kwietniu 1206 roku. Franciszek odpowiedział: „Kiedy wyrzekł się mnie ziemski ojciec, mam prawo Ciebie, Boże, odtąd wyłącznie nazywać swoim Ojcem”. Pomny na polecenie z nieba chodził po okolicy i naprawiał zniszczone wiekiem kościoły. Wolny czas poświęcał także chorym w miejscowym przytułku-szpitalu. Zajął się naprawą kościoła, dziś już nieistniejącego, św. Piotra della Spina, a potem Matki Bożej Anielskiej, przy którym zamieszkał. Kościółek należał wówczas do benedyktynów z góry Subasio. Ci chętnie odstąpili ruiny Franciszkowi.

24 lutego 1208 roku, w uroczystość św. Macieja, była czytana Ewangelia o rozesłaniu przez Jezusa dwunastu Apostołów. Franciszkowi utkwiły głęboko w pamięci słowa: Nie bierzcie w drogę torby ani dwóch sukien, ani sandałów, ani laski (Mt 10,10). Zdjął więc odzienie, nałożył na siebie zgrzebny habit, przepasał się sznurem, wziął kij do ręki i poszedł nawracać przed kościół św. Jerzego. Całe miasto mówiło o Franciszku. Jedni traktowali go jako dziwaka, mówiono nawet, że odszedł od zmysłów; inni mieli go za świętego. Zaczęli się garnąć do niego uczniowie. Nadał im nazwę Mężów Pokutników z Asyżu oraz Braci Mniejszych. Wszyscy obrali sobie za cel naśladowanie Jezusa w Jego ubogim życiu i głoszenie Ewangelii. Zaczęli obchodzić na wzór uczniów Chrystusa miasta i wioski i nawoływać do pokuty.

Rychło jednak pojawiły się trudności. Miejscowi kapłani zaniepokoili się „wędrownymi apostołami” nie mającymi od nikogo upoważnienia do tak ważnej misji. Franciszek udał się więc z towarzyszami do Rzymu i stanął przed papieżem Innocentym III. Musiał wywrzeć niezwykłe wrażenie, skoro papież tak ostrożny w zatwierdzaniu nowych rodzin zakonnych dał Franciszkowi ustne zatwierdzenie. (był to rok 1209 lub 1210). Co więcej, polecił Franciszkowi, aby przyjął święcenia diakonatu, by mógł lepiej wypełniać swoją misję. Jego towarzyszom pozwolił nosić tonsurę na znak przynależności do stanu duchownego. Według podania papież miał proroczy sen, w którym widział św. Franciszka i jego uczniów, jak podtrzymują ramionami chylący się do upadku Kościół Boży, który wyobrażała bazylika papieska na Lateranie.

W drodze powrotnej do Asyżu bracia głosili Chrystusa słowem i przykładem życia. Kiedy przybyli do rodzinnego miasta Franciszka, zgłosiła się do Porcjunkuli (do kościółka Matki Bożej Anielskiej) św. Klara, jedna z najposażniejszych panien w Asyżu. Ona również postanowiła poświęcić się na wyłączną służbę Bożą. W nocy z18 na 19 marca 121l roku odbyły się jej ostrzyżyny i obłóczyny. Dokonał ich Franciszek w otoczeniu braci. Widział on w Klarze wielki dar Boży. Kiedy bowiem bracia mieli się oddawać posłudze apostolskiej, Klara z towarzyszkami miała modlitwą i pokutą przygotować dla nich serca grzeszników. Tak powstał II Zakon św. Franciszka, Pań Ubogich, zwanych popularnie klaryskami.

W owych latach Europa katolicka żyła wyprawami krzyżowymi do Ziemi Świętej. Również Franciszek zapalił się, by nawiedzić ziemię Jezusa i nawracać muzułmanów. Niestety, burza zmusiła okręt do powrotu. Kiedy zaś chciał się udać do Maroka, nie pozwoliła mu choroba.

W roku 1213 hrabia Orlando da Chiusi ofiarował Franciszkowi górę Alwernię. Odtąd będzie to ulubione miejsce modłów Franciszka. Tu właśnie otrzymał stygmaty.

Dzieło św. Franciszka rozpowszechniło się. Całe środkowe Włochy są usiane osiedlami jego synów duchowych. W roku 1223 papież Honoriusz III zatwierdził regułę św. Franciszka. Św. Franciszek chciał jednak, by z dobrodziejstw życia zakonnego mogli korzystać także ludzie żyjący w świecie. Założył więc w l221 roku III Zakon dla ludzi świeckich, żyjących w rodzinach, praktykujących śluby zakonne w ramach swojego stanu.

Zbyt surowy tryb życia odbił się na zdrowiu św. Franciszka. W ostatnich dwóch latach odczuwał coraz dotkliwiej cierpienia fizyczne. W lecie 1224 roku udał się na Alwernię, gdzie odbył 40-dniowy post ku czci św. Michała Archanioła. Zwyczaj ten zachowywał od wielu lat i zalecał go swoim synom duchowym. Właśnie podczas tego postu, 14 września, w uroczystość Podwyższenia Krzyża Świętego, ukazał mu się Chrystus w postaci serafina na krzyżu i odbił na ciele Franciszka swoje najświętsze rany. Jest to pierwszy wypadek w dziejach Kościoła stwierdzonych historycznie stygmatów. Św. Franciszek otrzymał je na dłoniach i na stopach, z wyraźnymi śladami po gwoździach. Krwawiły i zadawały świętemu wielki ból. On wszakże czuł się bardzo zawstydzony tym niezwykłym wyróżnieniem. Kościół potwierdził urzędowo ten wypadek, ogłaszając 17 września świętem Stygmatów św. Franciszka.

Po otrzymaniu stygmatów Franciszek czuł się tak osłabiony, że musiał zaprzestać pieszych wędrówek apostolskich. Ponadto prawie zupełnie oślepł. Utrzymywał kontakt ze współbraćmi za pośrednictwem dyktowanych listów. W tym też czasie podyktował Pieśń o Słońcu (1225). Kiedy stan Franciszka był już beznadziejny, dał się wreszcie nakłonić do rad i życzeń największego dobroczyńcy zakonu, kard. Hugolino, i br. Eliasza – skorzystał z oferty papieża i zaczął się leczyć w jego rezydencji letniej w Rieti. Jednak było już za późno. Pragnąc zakończyć życie wśród braci, udał się w ostatnią drogę do Asyżu. Zanim św. Klara przygotowała mu miejsce w altanie ogrodu przy kościele św. Damiana, zatrzymał Franciszka biskup Asyżu. Święty jednak błagał, by go przeniesiono do Porcjunkuli. Spełniono jego życzenie i tam 4 października 1226 roku oddał Bogu ducha ze słowami Psalmu 141 na ustach, w wieku 45 lat. Pogrzeb odbył się następnego dnia. Bracia ułożyli ciało Franciszka, jakby był rozpięty na krzyżu, co na zebranym tłumie uczyniło ogromne wrażenie. Z Porcjunkuli przeniesiono ciało do kościoła św. Jerzego. Po czterech latach przeniesiono je do wystawionej ku jego czci bazyliki. W roku 1228 – a więc w dwa lata po śmierci – papież Grzegorz IX, były kard. Hugolin, uroczyście kanonizował Franciszka z Asyżu. W roku 1442 i w roku 1476 relikwie św. Franciszka dla bezpieczeństwa zamurowano, tak że z biegiem lat zapomniano o nich. Odkryto je dopiero 12 grudnia w 1818 roku.