Trzy lata później założył klasztor cystersów w Clairvaux i został jego pierwszym opatem. W tym samym roku otrzymał święcenia kapłańskie. Nazwa klasztoru pochodzi od nazwy kotliny położonej na terenie Szampanii Clara Vallis, czyli Jasna Dolina. Nastąpił wówczas wielki rozkwit tego klasztoru, dzięki czemu szybko powstały następne (w liczbie stu sześćdziesięciu ośmiu). Bernard zreformował macierzystą regułę zakonną, kładąc większy nacisk na kontemplację. Znany był też ze swej miłości do Matki Bożej, którą zwykł pozdrawiać w Kościele słowami: „Ave Maria!”. Legenda głosi, iż któregoś razu odpowiedziała mu ona: „Salve Bernarde!”. Miał znaczy wpływ na rozwój kultu maryjnego i mariologii w średniowieczu, czego oddziaływanie trwa do dziś.

Bernard z Clairvaux stał się słynny dzięki przypisywanym mu cudom, talentowi oratorskiemu, wiedzy filozoficznej, silnej osobowości i duchowości. Był doradcą książąt, biskupów i papieży. Był zwolennikiem uprawiania teologii kontemplatywnej w klasztorach, w harmonii z żywą wiarą, nie zaś czysto racjonalnej, skupionej na dedukcjach logicznych, do której skłonność mieli teologowie w szkołach katedralnych. Stąd m.in. jego spory z teologami scholastycznymi, choćby z Piotrem Abelardem. Przypisuje mu się autorstwo reguły zakonu Templariuszy.

W czasie walki o tron papieski między papieżem Innocentym II a antypapieżem Anakletem II jego rozstrzygnięcie wsparte przez Norberta z Xanten przechyliło szalę na rzecz Innocentego II.

Na prośbę papieża Eugeniusza III rozpoczął w roku 1146 działalność zmierzającą do zorganizowania II wyprawy krzyżowej. Kazanie wygłoszone w Vézelay wzbudziło w całej Francji wielki entuzjazm. Wkrótce utworzyły się armie ochotników w Lotaryngii, Flandrii i Niemczech, dołączył też król Francji, Ludwik VII Młody. Krucjata skończyła się klęską, co spowodowało ogromne rozczarowanie Bernarda.

Zmarł w swoim macierzystym klasztorze w wieku 63 lat.