Figura Maryi osadzona w środkowej arkadzie głównego ołtarza fary nowomiejskiej „jest przedziwnej piękności, z miłą Dzieciną na prawej ręce, twarzą ku Matce się swojej uśmiechającą i nóżkę swoją rączką podrapujące” – zapisał w kronice klasztornej czuły i prostoduszny braciszek franciszkański.

Kościół w Nowym Mieście dopiero od 120 lat posiada cudowny wizerunek. Przedtem to najstarsze sanktuarium dawnej diecezji chełmińskiej znajdowało się na wolnej przestrzeni, na łąkach, prezentując pierwotną formę kultu. Można go określić jako „przestrzenny”, „naturalny”, gdzie postać Matki Bożej wiązała się integralnie z toposem fizycznym i przyrodniczym, który z natury rzeczy sprzyjał pojawieniu się świętości. Nie dziwi zatem, że dzieje tego miejsca jako sanktuarium stanowią splot legend, tradycji ustnej i utrwalonej na piśmie.

Powróćmy jednak do początków Nowego Miasta. Zanim powstało, Krzyżacy zbudowali w 1320 roku zamek, po którym nie pozostał do dzisiaj żaden ślad. Rosnące wokół zamku osiedle uzyskało prawa miejskie w 1330 roku. Niedługo potem zamek i Nowe Miasto otoczyły mury obronne, których fragmenty ocalały do dzisiaj. W 1330 roku w pobliżu murów rozpoczęto wznoszenie wspaniałego gotyckiego kościoła św. Tomasza. Został on rozbudowany na przełomie XIV i XV wieku. Powstała trójnawowa bazylika o monumentalnym charakterze, jedna z nielicznych tego typu w diecezji toruńskiej. Ma wydłużone prezbiterium i kaplice szeroko otwarte na boczne nawy. Zachowały się XIV-wieczne polichromie ścienne i malowidła na drewnianym sklepieniu prezbiterium z połowy XVII wieku.

W pobliżu Nowego Miasta wznosił się zamek w Bratianie. Rezydował w nim rycerz krzyżacki Jan zwany przez okoliczną ludność Bratem Janem. Pomiędzy Nowym Miastem a Bratianem, nad Drwęcą, rozciągały się szeroko Łąki Bratiańskie, które niebawem przyjęły także miano Prata Mariana. Na Łąkach w czasach przedchrześcijańskich Prusowie czcili Maiunę, boginię wód i urodzajów. Legendy i tradycja przekazują kilka wersji o początku kultu maryjnego na Łąkach.

Kroniki opowiadają, że dzieci pasące bydło nad Drwęcą zobaczyły jaśniejącą figurę Matki Bożej płynącą pod prąd. Gdy zatrzymała się na wysokości obecnych ruin klasztoru, wyłowili ją z wody ludzie zbiegający się ku cudownemu zjawisku. Po uformowaniu procesji figura Madonny została odniesiona do kościoła w Nowym Mieście. Następnego dnia okazało się, że w niewytłumaczalny sposób powróciła na Łąki. Znaleźli ją dwaj żebracy, doznając widzenia Matki Bożej. Przekazała im polecenie do Brata Jana, aby wybudował w tym miejscu kościół „dla pociechy ludu nabożnego”. Jan zastosował się do życzenia – postawił kapliczkę i umieścił w niej figurę.

Tradycja przekazała także opowieść o dwóch kulawych żebrakach, którym na Łąkach objawiła się Maryja. Uzdrowiła ich i kazała wybudować kaplicę. Jeszcze inny przekaz wymienia rycerza krzyżackiego i wójta bratiańskiego Filipa von Kleberga, który około 1400 roku zbudował kaplicę na Łąkach, aby uświęcić dawne miejsce pogańskiego kultu.

Wszystkie te przekazy prezentują charakterystyczne sytuacje prowadzące do powstania sanktuarium. Wizerunek maryjny sam „wskazuje” miejsce, gdzie ma być oddawana mu cześć, co potwierdzają następnie uzdrowienia lub mariofanie. Występuje tu także woda jako element sakralny zapowiadający przyszłe cuda.

Cudowny wizerunek Matki Bożej pochodzi prawdopodobnie z początku XIV wieku, natomiast genezę kultu maryjnego na Łąkach Bratiańskich część badaczy datuje na połowę XIII wieku.

Drewniana figura ma wysokość metra i przedstawia Maryję z Dzieciątkiem na prawym ramieniu; w lewej ręce Matka Boża trzyma berło królewskie. Mimo powagi twarzy Madonny zaznaczony jest uczuciowy stosunek między Matką i małym Jezusem. Całą rzeźbę okrywa na kształt klosza pozłacana sukienka srebrna z XVII wieku wytłaczana we wzory. Ponad głowami rzeźby znajduje się przedstawienie cudownego miejsca na Łąkach Bratiańskich.

Na miejsce objawień, a potem do kaplicy przybywali coraz liczniej pielgrzymi i chorzy, szczególnie chromi. W XIV wieku Łąki były już wymieniane jako sanktuarium maryjne. Kaplica okazała się wnet za mała, pobudowano więc większy kościółek, który przetrwał do 1785 roku. W XVI wieku kult zmniejszył się, co się wiązało z postępami reformacji. Za to w XVII wieku nastąpił jego niebywały wzrost. Był to wynik odnowy potrydenckiej, a w głównej mierze przybycia na Łąki franciszkanów reformatów. Sprowadził ich w 1624 roku biskup chełmiński Jan Kuczborski „dla wygody ludu pobożnego, tak licznie się na to święte miejsce zgromadzającego”. Wojewoda poznański Paweł Działyński ufundował dla nich klasztor. Ojcowie reformaci, przejąwszy opiekę nad kaplicą, nadali tak wielki rozgłos kultowi Matki Bożej Łąkowskiej, że nawet wrogi czci maryjnej luteranizm nie osłabił „ciągnącego nieprzerwanie strumienia pobożnych pielgrzymów”. Wielkim propagatorem kultu w Łąkach był także bp chełmiński Kazimierz Opaliński. W XVIII i XIX wieku sława sanktuarium łąkowskiego była tak rozległa, że nazywano go „pruską Częstochową”.

Mając na uwadze nieustającą tradycję pielgrzymkową, liczne cuda i łaski, Benedykt XIV wydał 7 grudnia 1750 roku dekret zezwalający na koronację łąkowskiej figury. Dokonał jej bp chełmiński Wojciech Leski 4 czerwca 1752 roku. Ojcowie reformaci w 1785 roku ufundowali obszerniejszy murowany kościółek w miejsce drewnianego.

Po rozbiorach i wojnach napoleońskich nabożeństwo do Matki Bożej Łąkowskiej jeszcze się rozszerzyło, gdyż kult maryjny wzbogacił się o element patriotyczny. Nie przeszkodziły temu restrykcje rządu pruskiego, który starał się utrudnić życie pielgrzymom. Tysiące ludzi nadal ciągnęło do Łąk jako do centrum życia religijnego i narodowego. Mimo utrudnień paszportowych przybywali pątnicy z Warmii i Królestwa. Typową praktyką władz pruskich było okresowe zamykanie granicy z powodu rzekomo panującej zarazy. W 1872 roku przybyło np. do Łąk 3000 pielgrzymów z Gniewu. Tak jak w innych najznaczniejszych sanktuariach w okresie niewoli, w Łąkach odbyła się w 1861 roku olbrzymia manifestacja z okazji kolejnej rocznicy zwycięstwa pod Wiedniem.

Rząd pruski od dawna dążył do likwidacji kultu maryjnego w Łąkach Bratiańskich, uważając go słusznie za ważny czynnik podtrzymywania polskości i stymulator dążeń i działań niepodległościowych. Gdy nastał Kulturkampf, skasowano w 1875 roku klasztor i przepędzono reformatów. W sześć lat później piorun spowodował pożar kościoła w Łąkach. Na szczęście proboszcz z Nowego Miasta uratował cudowną figurę wraz z oprawą i umieścił w farze św. Tomasza. Niedługo potem spłonął cały kościół i klasztor łąkowski.

Kult Matki Bożej po umieszczeniu cudownej figury w kościele farnym nie osiągnął już takiego natężenia jak dawniej. Zabrakło specjalistycznego duszpasterstwa franciszkanów, zabrakło także szczególnego nastroju religijnego, jaki dawało święte miejsce znalezienia obrazu i związane z nim pierwotne objawienie. Obecnie kult ten ma zasięg regionalny – pojawiają się przede wszystkim grupy pielgrzymkowe z sąsiednich dekanatów i indywidualni pielgrzymi z innych części diecezji toruńskiej i z diecezji pelplińskiej.

Kościół farny św. Tomasza otrzymał tytuł bazyliki w 1971 roku. Główne uroczystości odbywają się w niej 8 września. Drugi dzień odpustu jest „dniem kapłańskim”, podczas którego urządzane są specjalne nabożeństwa dla księży diecezji toruńskiej.