Pełniły tam rolę obronną jako swoiste bastiony chroniące kraj przed najazdami barbarzyńców i innowierców. Na południowym wschodzie obfitowały w sanktuaria diecezje przemyska i lwowska narażone na najazdy Tatarów, Turków i Kozaków. Na północy cudowne wizerunki maryjne diecezji chełmińskiej strzegły przed atakami Prusów, Litwinów i Szwedów. Część tych miejsc kultu znajduje się w obecnej diecezji toruńskiej, do której należy ziemia lubawska.

Dzieje chrześcijaństwa na tych terenach sięgają początków XIII wieku i wiążą się z osobą cystersa Chrystiana. W 1209 roku rozpoczął on działalność misyjną wśród pruskiego plemienia Sasinów. Przyjęli oni ostatecznie chrzest w 1214 roku, a Chrystian zawiózł nawet ich wodza Surabuno do Rzymu. Innocenty III nadał mu imię Paweł i ustanowił misyjne biskupstwo pruskie. Niedługo potem Krzyżacy sprowadzeni przez Konrada Mazowieckiego rozpoczęli podbój Prus. W 1243 roku Innocenty IV na schrystianizowanych terenach ustanowił diecezje: sambijską, warmińską, pomezańską i chełmińską. Ta ostatnia obejmowała ziemię chełmińską i lubawską. Do 1466 roku (pokój toruński) biskupami chełmińskimi byli duchowni krzyżaccy; do 1566 roku diecezja należała do metropolii w Rydze, po czym przyłączono ją do Gniezna. Odtąd na stolicy biskupiej zasiadały często wybitne osobistości na czele z Janem Dantyszkiem, Stanisławem Hozjuszem, Wawrzyńcem Gembickim, Jakubem Zadzikiem, Andrzejem Olszowskim. Biskupstwo chełmińskie stało się jakby podstawą uzyskania najwyższych godności prymasa lub kanclerza koronnego.

W 1821 roku Pius VII, reorganizując strukturę Kościoła w rosnącym terytorialnie Królestwie Pruskim, przyłączył do diecezji chełmińskiej obszar Pomorza Gdańskiego i na stolicę wyznaczył Pelplin. Tak znacznie powiększona diecezja przetrwała z niewielkimi zmianami do 1922 roku. Wówczas Pius XI na obszarze Wolnego Miasta Gdańska utworzył administrację apostolską, którą w trzy lata później podniósł do godności diecezji. Utworzona w 1992 roku diecezja toruńska należy do metropolii gdańskiej, zajmuje obszar pierwotnej diecezji chełmińskiej i kontynuuje jej tradycje.

W 1257 roku książę Kazimierz nadał część ziemi lubawskiej pierwszemu biskupowi chełmińskiemu Heidenrykowi. Od tej pory Lubawa stała się siedzibą biskupią na przeszło 500 lat. Na miejscu drewnianej siedziby wodza Surabuno wzniesiono otoczony murami zamek biskupi, który po przebudowie w stylu baroku był najpiękniejszą – po Malborku – rezydencją w Prusach Królewskich (pozostał z niego tylko łuk bramy). Rządy i mecenat biskupi zapewniły Lubawie rozwój i znaczenie, największą jednak sławę przyniósł jej cudowny wizerunek Matki Bożej.

Lubawa i pobliska osada Lipy (obecnie w obrębie miasta) to jeden z najstarszych ośrodków kultu maryjnego w Polsce. Potwierdza to tradycja opierająca się częściowo na pobożnych legendach. Najczęściej przytaczana powiada, że w Lipach, w gaju, zbierali się Prusowie, aby składać ofiary i modlić się do swoich bogów. Pewnego razu nad jedną z lip ukazała się jasność, a potem znaleziono pod drzewem figurkę Matki Bożej. Przeniesiono ją do świątyni lubawskiej, jednak przedziwnym sposobem powróciła w nocy na dawne miejsce. Powtórzyło się to trzykrotnie. Wreszcie bp Chrystian ściął „pogańską” lipę, nakazał postawić w tym miejscu kaplicę i umieścić w niej figurę Maryi.

Legenda opiera się na rzeczywistości (bp Chrystian) i miała zapewne ukazać proces chrystianizacji Prusów. Ukazuje zarazem jeden z typowych wątków cudownego powstawania miejsca kultu: jasność, niezwykłe znalezienie i trzykrotne „powracanie” wizerunku na dawne miejsce.

Inny przekaz jest bardziej prawdopodobny i wiąże się z bitwą stoczoną w 1263 roku u stóp góry Figanki, gdzie Prusowie zadali Krzyżakom straszną klęskę. Na pamiątkę owej klęski postawiono kapliczkę, w której osiadł pustelnik, aby modlić się za poległych. Niebawem też spostrzegł zawieszoną na lipie figurkę Matki Bożej. Umieścił ją w kaplicy, gdzie wkrótce zasłynęła cudami, ściągając ludność z całej ziemi lubawskiej. Wówczas, aby zabezpieczyć figurę i coraz liczniejsze wota, przeniesiono ją w procesji do fary w Lubawie.

Kult maryjny w Lipach istniał rzeczywiście już w połowie XIII wieku, nie wiadomo jednak, kiedy naprawdę cudowna figura znalazła się w kościele lubawskim.

Rzeźba w lipowym drewnie, wysokości 30 cm, przedstawia Maryję z Dzieciątkiem na prawym ramieniu. Dziecię jest zwrócone profilem do patrzącego. Głowy świętych postaci otacza złocista gloria, pod stopami Maryi znajduje się sierp księżyca z ludzkim profilem. Oznaczał on nietrwałość i przemijanie ziemskiego świata, był symbolem zła. Deptanie przez Maryję sierpu księżyca rozumiano jako Jej zwycięstwo nad grzechem. Ludzki profil księżyca odnosił się do Adama lub Ewy, w tym drugim przypadku wiązał się z przeciwstawieniem Maryi Ewie. Wątki te były typowe dla powstałej w średniowieczu idei Niewiasty Apokaliptycznej.

Maryja i Dzieciątko są przybrane w złociste sukienki-kapy z dekoracją rokokową. Zostały wykonane w Münster w połowie XIX wieku. Poprzednie skradziono w 1848 roku.

Figurę o cechach późnego gotyku datuje się na koniec XV wieku, natomiast według części historyków jej przeniesienie do kościoła w Lubawie miało miejsce w XVI wieku. Być może w kaplicy w Lipach znajdowała się wcześniej inna figura, która zaginęła. Nie zostało to jednak nigdy stwierdzone.

Pierwszy kościół w Lubawie, św. Anny, powstał w połowie XIII wieku. Drugą, murowaną świątynię Nawiedzenia Najświetszej Maryi Panny i św. Anny wzniesiono około 1330 roku. Jest to budowla gotycka, z cegły, z ostrołukowymi oknami i blendami. Masywna kwadratowa wieża o trzech kondygnacjach góruje nad miastem. Ołtarz główny z obrazem Matki Bożej Różańcowej pochodzi z 1723 roku, wcześniejsze są barokowe ołtarze boczne. Do nawy od strony północnej przylega kaplica Aniołów Stróżów, zaś od południowej – wspaniała renesansowa kaplica Mortęskich. Ufundowała ją, wraz z siostrami Zofią i Anną, Magdalena Mortęska, ksieni benedyktynek w Chełmnie, wielka czcicielka Matki Bożej Lipskiej. W tej kaplicy do dzisiaj znajduje się cudowna figura.

Kult Matki Bożej Lipskiej rozwinął się na dobre w XVII wieku. „Ludzie z dalekich stron przybywają na odpusty i doznają wielkich łask” – pisano w protokole wizytacji z 1705 roku. Szczególnie często zanoszono prośby o uzdrowienie z chorób. Świadczą o tym stare pieśni i wota, których przechowało się ponad sto z XVII i XVIII wieku.

Już wkrótce po umieszczeniu cudownej figury w farze lubawskiej ustalił się zwyczaj procesyjnego przenoszenia jej do Lip w święto Nawiedzenia będące głównym odpustem. Udział wiernych był zawsze tak liczny, że procesja rozciągała się na całej dwukilometrowej drodze między Lubawą i Lipami. W tym dniu na drzewach wokół kaplicy w Lipach rozwieszano wota, tak iż całe otoczenie przesycone było cudowną mocą i świadectwami wstawiennictwa Matki Bożej. Pomagała Ona w każdej potrzebie. Ks. J. Fankidejski, autor opracowania o sanktuariach diecezji chełmińskiej, pisał: „Ile razy w Lubawie lub w okolicy powstało morowe powietrze albo głód zagrażał, słota lub susza wielka panowała albo też nieprzyjaciel kraj naszedł i inne klęski trapiły, wtedy był zwyczaj pobożny obnosić cudowną figurę w uroczystej procesji i żebrać wstawiennictwa, co też zwykle następowało”.

Zwyczaj procesji do Lip z cudowną figurą trwa do dzisiaj i jest prastarym rytem sakralnym odnawiania świętej przestrzeni i jej mocy przez okresowy kontakt z miejscem pierwszego ujawnienia się świętości.

W Lipach na miejscu drewnianej kaplicy wzniesiono w 1620 roku nową. Wizytujący ją bp Andrzej Olszowski wymienia trzy ołtarze i małe organy. Spłonęła w 1861 roku, ale odbudowano ją 9 lat później. Obecnie w Lipach znajduje się niewielki neogotycki kościół filialny Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny.

Kult Matki Bożej Lipskiej osłabł w czasie zaborów, ale powrócił do dawnego znaczenia w niepodległej Polsce. Lubawa stała się znowu sanktuarium kresowym przy granicy z Niemcami.

Projekty koronacji przerwała druga wojna światowa. Powrócono do nich po 1956 roku. Zgodę wyraził papież Paweł VI i 2 lipca 1969 roku kard. Stefan Wyszyński z ordynariuszem diecezji chełmińskiej Kazimierzem Kowalskim ukoronowali wizerunek Matki Bożej Lipskiej.

Lubawa położona na rozłożystym stoku Góry Dylewskiej liczy ponad 10 000 mieszkańców. Niegdyś dzięki obecności biskupów była najważniejszym ośrodkiem miejskim diecezji chełmińskiej. Stała się także ośrodkiem szkolnictwa (kolegium szlacheckie założył bp Jan Dantyszek), a w czasie zaborów ośrodkiem pracy społeczno-patriotycznej, znajdując oparcie w polskiej drukarni, księgarni i „Gazecie Lubawskiej”. W czasie okupacji Niemcy utworzyli w Lubawie Tajny Obóz Karny dla Młodocianych, przez który przeszło ponad 1000 dzieci.

Parafia farna w Lubawie ma kilka kościołów filialnych: pobernardyński, późnogotycki św. Jana Chrzciciela z 1607 roku, drewniany św. Barbary z rokokowym wystrojem wnętrza z połowy XVIII wieku oraz Wniebowstąpienia Pańskiego w Mortęgach – siedzibie rodowej Matki Mortęskiej – z 1982 roku.