Był ciepły, letni dzień 1370 roku. Obładowany towarami żaglowiec opuścił port hiszpański i płynął w kierunku Italii. Przychylny wiatr dawał nadzieję na szczęśliwą żeglugę. Niespodziewanie w pobliżu wybrzeży Sardynii morze wzburzyło się, olbrzymie fale groziły zatopieniem statku. Na nic się zdały nadludzkie wysiłki marynarzy, aby uciec przed sztormem. Gdy wszyscy przygotowali się na najgorsze, dowódca nakazał wrzucić ładunek do morza, mając nadzieję, że tak odciążony żaglowiec zdoła przynajmniej utrzymać się na wodzie. I oto stało się coś dziwnego: gdy wielki kufer wyrzucony za burtę dotknął wody, morze uspokoiło się niespodziewanie, ustal wiatr, powróciło słońce, a także spokój i radość wśród członków załogi.

Radość zmieniła się jednak szybko w zdziwienie, gdy ludzie na pokładzie spostrzegli, że wszystkie inne towary poszły na dno, a ogromna skrzynia unosi się na powierzchni. Postanowili wciągnąć ją na pokład. Po chwili jednak, trochę przestraszeni zdali sobie sprawę, że skrzynia jest nieosiągalna; poruszana nieznaną siłą płynęła ku wybrzeżom Sardynii, w tajemniczy sposób pociągając za sobą statek. Kiedy przybliżyli się do wyspy, skrzynia zatrzymała się w zatoce naprzeciw wzgórza Bonaria. Próby wyciągnięcia jej na brzeg nie dawały rezultatu. Obecni na wybrzeżu rybacy i licznie zgromadzona ludność próbowali pomóc marynarzom, ale skrzynia nie dawała się ruszyć.

Poproszono więc o pomoc braci z pobliskiego klasztoru. Dwaj zakonnicy ku zdziwieniu wszystkich z łatwością wyciągnęli skrzynię z wody, odkrywając na niej przy okazji wyrzeźbiony herb swojego zgromadzenia. Kiedy wśród entuzjastycznych okrzyków podziwu skrzynia została otwarta, obecnym ukazała się wspaniała figura Matki Bożej z Dzieciątkiem. Zgromadzeni upadli na kolana, intonując Te Deum i Salve Regina. Jak donoszą kronikarze, nadali Jej natychmiast imię Matki Bożej z Bonaria, od nazwy wzgórza, które Madonna sama wybrała na swoją siedzibę.

Wiarygodność opisanego powyżej wydarzenia została oficjalnie potwierdzona dokumentem zredagowanym w toku postępowania przeprowadzonego na polecenie arcybiskupa Cagliari w 1592 roku. Dokument ten jest do dnia dzisiejszego przechowywany w archiwum Kurii Arcybiskupiej w Cagliari.

Minęły lata. Kult Madonny z Bonaria przekroczył granice Sardynii i dotarł nawet do obu Ameryk. Działo się to zarówno dzięki rozwijającym się stosunkom handlowym Sardynii, jak i dzięki podróżom ojców opiekujących się sanktuarium (Padri Mercedari). Mając na celu wykupywanie niewolników chrześcijańskich, docierali oni do najdalszych zakątków świata, szerząc jednocześnie kult Matki Bożej z Bonaria. Wiele miejscowości w Kolumbii, Kostaryce, Nikaragui, Meksyku i Peru nosi dziś nazwę Buen Ayre (Bonaria). Również stolica Argentyny Buenos Aires swoją nazwę zawdzięcza temu miejscu.

Obecnie na wzgórzu Bonaria znajdują się dwie świątynie. Większa, nowocześniejsza ma tytuł bazyliki mniejszej nadany jej przez papieża Piusa XI 25 kwietnia 1926 roku. Mniejsza, wzniesiona jeszcze w XIV wieku przez Aragończyków, jest najstarszym przykładem budowli w stylu gotycko-katalońskim na Sardynii. To właśnie tu, w niszy za ołtarzem głównym, znajduje się figura Matki Bożej z Bonaria.

Statua wykonana z drzewa chleba świętojańskiego została wyrzeźbiona z jednego kawałka drewna o wysokości 1,56 m. Matka Boża ma łagodne oblicze, a jednocześnie z Jej postaci emanuje niewypowiedziany majestat. Na plecy spływają bujne falujące włosy. Ubrana jest w elegancką karmazynową tunikę, zaś obszerny płaszcz zielono-niebieskiego koloru ze złoconymi arabeskami okrywa królewską postać.

Inną cenną pamiątką przechowywaną w sanktuarium jest skrzynia, w której wizerunek przybył do Bonaria w 1370 roku. Pomimo zniszczeń spowodowanych czasem skrzynia do dzisiaj zachowała charakterystyczną formę. Przypuszcza się, że brakujące jej części podzielili pomiędzy wybierający się w podróż żeglarze. Mieli oni zwyczaj podczas burzy wrzucać do morza maleńkie kawałki tej relikwii, aby uspokoić wzburzone wody.

Szczególny kult Matki Bożej z Bonaria wśród mieszkańców Sardynii potwierdzają nie tylko liczne kościoły zbudowane ku Jej czci czy też ołtarze Jej poświęcone w najważniejszych i najstarszych kościołach wyspy, ale również wota, niektóre bardzo stare, przechowywane w muzeum należącym do sanktuarium. Wota te w dużej części zostały ofiarowane Madonnie przez marynarzy z całego świata. Uważana jest Ona nie tylko za najważniejszą Patronkę Sardynii, ale i za Patronkę wszystkich żeglujących po morzach. Dlatego sanktuarium Bonaria bardzo często nawiedzają ludzie morza. Na ścianach korytarzy w sanktuarium możemy podziwiać liczne fotografie pozostawione przez tych, którzy także w ten sposób chcieli podziękować za łaski otrzymane za pośrednictwem Matki Bożej z Bonaria.

O znaczeniu sanktuarium świadczy również fakt, że nawiedziło je wiele znanych osobistości. Między innymi papież Pawel VI modlił się tutaj 24 kwietnia 1970 roku w 600. rocznicę przybycia świętego wizerunku do Cagliari, a Ojciec Święty Jan Paweł II 20 października 1985 roku odprawił na wzgórzu Bonaria uroczystą Mszę św.

Matka Boża z Bonaria, od wieków czuwająca nad swoimi czcicielami, przyciąga nieprzerwanie tysiące pielgrzymów.