Był ciepły, letni dzień 1370 r. Obładowany towarami żaglowiec opuścił port hiszpański i płynął w kierunku Italii. Morze było spokojne a wiatr przychylny, co dawało nadzieję na szczęśliwą żeglugę. Niespodziewanie od wybrzeży Sardynii zaczął wiać gwałtowny wiatr, a olbrzymie fale groziły zatopieniem, coraz słabszego, statku. Na nic zdały się nadludzkie wysiłki marynarzy, aby oddalić się od sztormu. Kiedy wszyscy przygotowali się duchowo na najgorsze, dowódca nakazał wrzucić do morza ładunek, mając nadzieję, że tak odciążony żaglowiec zdoła przynajmniej utrzymać się na wodzie. Cały towar, w którego skład wchodziła wielka i ciężka drewniana skrzynia, został wrzucony we wzburzone morze. I oto stało się coś dziwnego: zaledwie wielki kufer dotknął wody, morze uspokoiło się niespodziewanie, ustał wiatr, powróciło słońce, i co za tym idzie, spokój i radość wśród członków załogi.

Radość ta zamieniła się jednak szybko w zdziwienie, kiedy ludzie na pokładzie spostrzegli, że wszystkie inne towary poszły na dno, a ogromna skrzynia unosi się na powierzchni. Teraz, kiedy morze się już uspokoiło postanowili wciągnąć na pokład jedyny przedmiot, który ocalał z szaleństwa fal. Po chwili jednak, zdziwieni i już trochę przestraszeni zdali sobie sprawę, że skrzynia jest nieosiągalna. Jakby poruszana jakąś niesamowitą siłą, płynie ku wybrzeżom Sardynii, w tajemniczy sposób pociągając za sobą cały statek.

Kiedy przybliżyli się do wyspy, skrzynia zatrzymała się w zatoce naprzeciw Wzgórza Bonaria. Próby wyciągnięcia jej na brzeg pozostawały jednak bez rezultatu. Obecni na wybrzeżu rybacy oraz licznie zgromadzeni ludzie próbowali pomóc, ale skrzynia nie dawała się ruszyć.

Skuteczna okazała się dopiero rada, aby zawołać braci z pobliskiego klasztoru. Dwaj zakonnicy przybiegli na miejsce i ku zdziwieniu wszystkich z łatwością wyciągnęli skrzynię z wody, odkrywając na niej przy okazji, wyrzeźbiony herb swojego Zgromadzenia. Kiedy wśród entuzjastycznych okrzyków podziwu i radości skrzynia została otwarta, obecnym ukazała się, znajdująca się w jej wnętrzu, wspaniała figura Matki Bożej z Dzieciątkiem, którą podniesiono tak, aby wszyscy mogli ją zobaczyć. Zgromadzeni upadli na kolana, intonując Te Deum i Salve Regina. I – jak donoszą kronikarze – nadali Jej natychmiast imię Matki Bożej z Bonaria, pochodzące od nazwy wzgórza, które sama Madonna wybrała na swoją siedzibę.

Wiarygodność opisanego powyżej wydarzenia została oficjalnie potwierdzona dokumentem zredagowanym w toku postępowania przeprowadzonego na rozkaz arcybiskupa Cagliari w 1592 r. Dokument ten jest do dnia dzisiejszego przechowywany w archiwum Kurii Arcybiskupiej w Cagliari.

Minęły lata. Kult Madonny z Bonaria przekroczył granice Sardynii i dotarł nawet do obu Ameryk. Działo się to zarówno dzięki rozwijającym się stosunkom handlowym Sardynii oraz dzięki podróżom Ojców opiekujących się Sanktuarium (Medcedarianie). Mając na celu wykupowanie niewolników chrześcijańskich docierali oni do najdalszych zakątków świata, szerząc jednocześnie kult Matki Bożej z Bonaria.

Wiele miejscowości znajdujących się w Kolumbii, Kostaryce, Nikaragui, Meksyku i Peru nosi dziś nazwę Buen Ayre (Bonaria) na pamiątkę wzgórza na którym stoi sardyńskie Sanktuarium. Również stolica Argentyny Buenos Aires pochodzenie swojej nazwy zawdzięcza temu miejscu.

Obecnie na wzgórzu Bonaria znajdują się 2 świątynie. Większa, nowocześniejsza nosi tytuł Bazyliki Mniejszej, nadany jej przez papieża Piusa XI w dniu 25.04.1926 r. Mniejsza, wzniesiona jeszcze w XIV w przez Aragończyków jest najstarszym przykładem budowli w stylu gotycko-katalońskim na Sardynii. To tu właśnie, w niszy za ołtarzem głównym czczona jest figura Matki Bożej z Bonaria. Statua wykonana z drzewa chleba świętojańskiego została wyrzeźbiona z jednego kawałka drewna o wysokości 1,56 m. Matka Boża ma łagodne oblicze, a jednocześnie z Jej postaci emanuje niewypowiedziany majestat. Na plecy spływają falujące, obfite włosy. Ubrana jest w elegancką karmazynową tunikę zaś przestronny płaszcz zielono-niebieskiego koloru ze złoconymi arabeskami pokrywa królewską postać.

Inną cenną pamiątką przechowywaną w Sanktuarium jest skrzynia w której wizerunek przybył do Bonaria w 1370 r. Pomimo zniszczeń spowodowanych czasem, skrzynia do dzisiaj zachowała swoją charakterystyczną formę. Przypuszcza się, że brakujące jej części zostały podzielone pomiędzy wybierających się w podróż żeglarzy. Mieli oni zwyczaj podczas burzy wrzucać do morza maleńkie kawałki tej relikwii, aby uspokoić wzburzone wody.

Szczególny kult Matki Bożej z Bonaria wśród mieszkańców Sardynii świadczy o fenomenie zaistniałego tam wydarzenia. Kult ten potwierdzają nie tylko liczne kościoły zbudowane ku Jej czci czy też ołtarze Jej poświęcone w najważniejszych i najstarszych kościołach wyspy, ale również wota, niektóre bardzo stare, przechowywane w Muzeum należącym do Sanktuarium. Wota te w dużej części zostały ofiarowane Madonnie przez marynarzy z całego świata. Uważana jest Ona nie tylko za najważniejszą patronkę Sardynii, ale i za patronkę wszystkich żeglujących po morzach. Dlatego Sanktuarium Bonaria jest bardzo często nawiedzane przez ludzi morza.

Na ścianach korytarzy otaczających dziś Sanktuarium możemy podziwiać ogromne ilości fotografii pozostawionych przez tych, którzy także w ten sposób chcieli podziękować za rozliczne łaski otrzymane za pośrednictwem Matki Bożej z Bonaria.

O ważności Sanktuarium świadczy również fakt, że nawiedziło je wiele znanych osobistości w tym 4 papieży. Papież Paweł VI modlił się tutaj 24 kwietnia 1970 r w 600 rocznicę przybycia świętego wizerunku do Cagliari. Potem kolejno przybyli tutaj: święty Jan Paweł II w październiku 1985 r, papież Benedykt XVI we wrześniu 2008 r. i w końcu papież Franciszek we wrześniu 2013 r.

I tak Matka Boża z Bonaria, od wieków czuwająca nad swoimi czcicielami, przyciąga nieprzerwanie tysiące pielgrzymów do swojego niepowtarzalnego Sanktuarium.