W powstałej ze spolszczenia włoskiej nazwy Alwerni wybudowano drewniany kościółek pw. Stygmatów św. Franciszka. Stanowił on miejsce kontemplacji męki Pana i krzewienia duchowości głębokiego zjednoczenia z Chrystusem. Wyrokiem Opatrzności na wzgórze do nowego, murowanego już kościoła trafił łaskami słynący obraz Pana Jezusa Miłosiernego Ecce Homo.

Historia tego wizerunku jest bardzo ciekawa, choć zapewne składają się na nią i skrawki legendy. Według podania obraz miał być własnością bizantyjskich cesarzy, którzy czcili go w swej prywatnej kaplicy w Konstantynopolu. Po upadku imperium znalazł się w rękach zdobywcy miasta, sułtana Mehmeda II, i leżał w pocesarskim skarbcu. Przebywający z wizytą u sułtana Murada IV członkowie poselstwa niemiec-kich Habsburgów otrzymali go w prezencie i odtąd miał się znajdować w kaplicy pałacowej Ferdynanda II. Po jego śmierci nadworny kapelan wywiózł obraz na Węgry i przekazał urzędnikowi cesarskiemu Zygmuntowi Hollo, który umieścił go w kaplicy pałacowej swego rodu. Następnie został podarowany zaprzyjaźnionemu ks. Janowi Michlajskiemu, proboszczowi w parafii Lubowla, a potem w Babicach k. Krakowa.

Kiedy ks. Michlajski był w podróży, zachorował jego ojciec. Został przewieziony do klasztoru w lwerni, gdzie go przyjęto i pielęgnowano. Gdy zmarł, zakonnicy pochowali go w krypcie kościoła. Po powrocie ks. Jan chciał im zapłacić za opiekę nad ojcem, lecz nie przyjęli pieniędzy. Wówczas kapłan zdecydował się ofiarować do kościoła obraz Pana Jezusa Miłosiernego.

Wizerunek przyjęto z radością. Bracia procesyjnie wyszli na jego spotkanie. Początkowo umieszczono go w głównym ołtarzu, a w 1703 roku przerobiono dawną zakrystię na kaplicę dla cudownego obrazu. W 1700 roku na obraz nałożono srebrną sukienkę jako wotum zbiorowe (w XX wieku została skradziona), zaś w 1712 roku Bartłomiej i nna Trawińscy z Krakowa w podzięce za uzdrowienie dziecka ufundowali istniejący do dziś murowany ołtarz.

Kościół zachował cechy wczesnobarokowego wystroju. Po renowacji w latach 1949–1957 zmniejszono wprawdzie liczbę ołtarzy bocznych, lecz pochodzące z rozebranych ołtarzy figury zdobią teraz narożniki świątyni. Z 1734 roku pochodzi ołtarz główny, w którego centrum znajduje się krzyż z 1624 roku pamiętający jeszcze czasy kościółka drewnianego. Spośród ołtarzy bocznych z drugiej połowy XVIII wieku wyróżnia się ołtarz Matki Bożej Piekarskiej. Z tego samego okresu pochodzi ambona z figurami czterech świętych franciszkańskich. W lewej części transeptu można zobaczyć barokową płaskorzeźbę św. Anny Samotrzeciej oraz odznaczające się znakomitą robotą snycerską, już XX-wieczne stacje drogi krzyżowej. Słynnym w okolicy dziełem klasycyzmu jest nagrobek Szembeków wykonany z czarnego marmuru dębnickiego, alabastru i drewna. W przedsionku świątyni znajdują się także sarkofagi Korycińskich.

Sanktuarium oddziaływało nie tylko na okoliczne ziemie, krakowską i śląską, ale też było znane na Morawach, w Czechach, a nawet na Węgrzech. Dowodem tego są kronikarskie zapiski, że dla pątników wygłaszano tu kazania po węgiersku, słowacku, czesku i niemiecku. Przez wieki do Alwerni przybywali biskupi i możni, np. Jan III Sobieski w 1676 roku czy Stanisław August Poniatowski w 1787 roku, jednak szczególnie upodobał sobie to miejsce lud Śląska. To on zbudował w 1897 roku 55-metrową wieżę w miejsce drewnianej dzwonnicy. Wiele pielgrzymek udających się ze Śląska do Łagiewnik lub Czernej nawiedza także alwernijskie wzniesienie. Ojciec Izydor Wróbel FM podkreśla jeszcze jeden historyczny wymiar kultu na tym miejscu: „Kiedy nie było jeszcze sanktuarium Miłosierdzia Bożego w Łagiewnikach, tu od wieków mieściło się sanktuarium Pana Jezusa Miłosiernego i prawda o Miłosierdziu Bożym była propagowana”. Najważniejszym odpustem w alwernijskim kościele jest od dawna święto Bożego Miłosierdzia obchodzone w drugą niedzielę Wielkanocy, znane przed laty jako „biała niedziela”.

Innym ciekawym dniem, poza patronalną uroczystością Stygmatów św. Franciszka, jest tzw. Strzelanka. Okoliczni mieszkańcy nazwali tak tradycyjne strzelanie z moździerzy w czasie odpustu. Mawiali, że w niedzielę w oktawie Bożego Ciała „strzelają u bernardynów”. W nowszych czasach wprowadzono misteria bożonarodzeniowe realizowane przez grupę „Pascha”, która jednak zaznacza, że wcale nie są to tradycyjne jasełka. Do Alwerni warto też wybrać się na „Majówkę u Bernardynów” – dużą imprezę religijno-kulturalną. Dobrą zabawę gwarantował w ostatnich latach znany aktor Andrzej Grabowski, który w alwernijskim kościele był ministrantem i przyznaje, że marzył wówczas o zostaniu bernardynem.

Dziś podstawowy wymiar duszpasterstwa związanego z wizerunkiem Ecce Homo koncentruje się wokół kluczowej dla Jana Pawła II i Kościoła przełomu tysiącleci tematyki godności osoby ludzkiej. Bernardyni wyjaśniają: „Obraz przedstawia Jezusa umęczonego, udręczonego i oszpeconego tak, że o Jego wyglądzie można powiedzieć, iż nie przypomina człowieka. A jednak poganin Piłat, dla którego Jezus jest podsądnym Żydem, mówi, że to jest człowiek. Dostrzeżenie godności i niepowtarzalności każdej osoby stanowi wyzwanie w dzisiejszych czasach, kiedy pojawia się problem aborcji i eutanazji, a za człowieka jest uważany ktoś, kto ładnie wygląda oraz jest dobrze ubrany. Człowiek sponiewierany, jeszcze nie narodzony, starszy, nieproduktywny w takim wymiarze, jak oczekiwałoby to społeczeństwo, jest odrzucany” – ocenia sytuację o. Izydor.

Klęcząc w kaplicy Jezusa Miłosiernego, warto medytować nad przesłaniem programowej encykliki Jana Pawła II Redemptor hominis. Przed nami bowiem Człowiek z pozoru przegrany i zniszczony, a przecież w Nim objawiła się pełnia człowieczeństwa. Bez Niego „nie można zrozumieć człowieka” i „człowiek nie może sam siebie zrozumieć”. W dobie konsumpcjonizmu musimy zwracać uwagę na to, że o godności osoby decyduje inny jej wymiar niż elegancki ubiór, zdrowie czy siły fizyczne. Niepowtarzalna wartość każdego człowieka wynika nie tylko z faktu, iż został stworzony przez Boga, ale przede wszystkim z odkupienia go przez Syna Bożego. On, przyjąwszy ludzką kondycję, ukazał pełnię bycia człowiekiem. Zaskakujące, że w miejscu poświęconym stygmatom św. Franciszka, czyli formie najwyższego włączenia własnego człowieczeństwa w człowieczeństwo Chrystusa, znalazł się wizerunek zatytułowany Oto Człowiek...