Klasztor i kościół karmelitański pod wezwaniem św. Eliasza Proroka został ufundowany w 1629 roku przez hrabinę Agnieszkę Firlejową z Tęczyńskieh, żonę wojewody krakowskiego.

Do sanktuarium prowadzi marmurowy portal, a na umieszczonej w jego nadprożu tablicy czytamy: Ipse Deus locum secretum quaerit. O beata solitudo, o sola beatitudo - „Sam Bóg szuka samotnego miejsca. O szczęśliwa samotności, o samotna szczęśliwości".

Do końca XVIII wieku Czerna była miejscem ustronnym i oazą klauzurowej ciszy. Erem okolony czterokilometrowym murem był przeznaczony tylko dla pustelników, którzy czcili w nim Matkę Bożą Królową Karmelu. W 1805 roku - po zniesieniu wielkiej klauzury papieskiej - kościół karmelitański został udostępniony wiernym obojga płci i ojcowie rozpoczęli działalność duszpasterską. Czerna dziś jest licznie nawiedzanym sanktuarium; nie omijają jej pątnicy zwłaszcza 16 lipca, w uroczystość Matki Bożej Szkaplerznej (poprzedzoną dziewięciodniową nowenną). Jej wizerunek został ukoronowany w 1988 roku przez kard. Franciszka Macharskiego i od tego roku nastąpiło jeszcze większe ożywienie ruchu pielgrzymkowego. Ojciec Święty w telegramie na dzień koronacji pisał: „Promieniowanie sanktuarium w Czernej na archidiecezję krakowską i na Kościół w Ojczyźnie, wiara i modlitwa pielgrzymów - są to szczególne brylanty korony, którą Biskup Krakowski włożył w roku Maryjnym na skronie naszej Pani i Jej Syna w Czernej, w akcie dziękczynienia za Jej obecność na Krakowskiej Ziemi i w duchu zawierzenia na trzecie tysiąclecie po Chrystusie".

Obraz jest umieszczony w ołtarzu z czarnego marmuru dębnickiego. Do połowy XVII wieku wisiał tu wizerunek malowany techniką olejną na płótnie (był darem karmelitów z Krakowa), lecz pomimo wysokiej wartości artystycznej był w Czernej tymczasowo. Został wymieniony z obawy przed zbutwieniem, któremu uległo wiele innych płócien z powodu wilgoci panującej w kościele zbudowanym z kamiennych ciosów. Obecny obraz, namalowany na blasze miedzianej, wykonał artysta krakowski Paweł Gołębiowski w polowie XVII wieku. Wizerunek ten, typ Matki Bożej Śnieżnej - Salus Populi Romani z bazyliki Santa Maria Maggiore w Rzymie - stał się pod koniec XVI wieku typem obrazu kontrreformacyjnego i zdominował Hodegetrię piekarską i częstochowską. Kopia czerneńska różni się od pierwowzoru domalowanym szkaplerzem karmelitańskim w prawej dłoni Madonny, gwiazdą na prawym ramieniu Jej płaszcza i złoconym krzyżykiem na welonie okrywającym głowę.

Do Czernej przyciąga przede wszystkim Królowa Karmelu, ale pątnicy przyjeżdżają tu chętnie' również na odpust patronalny św. Eliasza, który przypada zwykle w pierwszą niedzielę po 20 lipca, a w październiku na uroczystości związane z dwiema mniszkami, karmelitankami bosymi. Doktorami Kościoła: Św. Teresą od Dzieciątka Jezus i św. Teresą od Jezusa. Przez cały rok, nieopodal klasztoru, w pięknie położonym domu rekolekcyjnym Sióstr Karmelitanek Dzieciątka Jezus, odbywają się rekolekcje dla osób różnych stanów.

Nowy rozdział w dziejach klasztoru w Czernej rozpoczęła beatyfikacja (22 czerwca 1983 roku w Krakowie) , i kanonizacja (17 listopada 1991 roku w Rzymie) o. Rafała Kalinowskiego.

- Jeszcze do niedawna w okolicach m.in. Czernej, Paczółtowic i Wadowic żyły osoby, które pamiętały św. Rafała - mówi o. Rafał Maria od Chrystusa Mistrza. - Był dla nich i dla całej naszej rodziny zakonnej wzorem człowieka, który w sposób radykalny oddał się na służbę Bogu. Sama zaś droga jego rozwoju duchowego może być przykładem dla zagubionych, poszukujących własnej tożsamości, tej ogólnoludzkiej i chrześcijańskiej, ponieważ długo lecz konsekwentnie szukał sensu życia. Wstąpił do zakonu, mając 42 lata, święcenia kapłańskie przyjął, mając lat 47 i w Karmelu przeżył jeszcze 30 lat. Kto z nim się zetknął, miał świadomość, że obcuje ze świętym. Był przeniknięty transcendencją. Potrafił wstawać ponad godzinę wcześniej od całej wspólnoty, aby po porannych modlitwach mieć czas na słuchanie spowiedzi. Mówiono o nim, że jest męczennikiem konfesjonału. Przede wszystkim cechowała go miłość do człowieka wzorowana na postawie Maryi, Matki i Opiekunki naszego Zakonu, Dawczyni Szkaplerza Świętego, którego duchową moc nieustannie promował.

W umiejscowionej wewnątrz klasztornego kompleksu kaplicy św. Rafała, gdzie znajdują się jego relikwie, pątniczka z Krakowa wypisuje na kartce prośby do świętego karmelity... Lista próśb z garścią monet wpada do skarbony. Wierzę, że św. Rafał mnie wysłucha - mówi rozmodlona kobieta... „Jedynie żywa wiara - pisał św. Rafał - utwierdzająca nas na ścieżce zgadzania się zawsze i wszędzie z wolą Bożą, życie duszy oświecić może i ciszą napełnić, choć nie obejdzie się bez krzyku i cierpień..." Kaplicę wypełnia grupa studentów z krakowskiej „Beczki" - duszpasterstwa akademickiego prowadzonego przez dominikanów. Młodzi przyjechali na wspólną Eucharystię ze swoim duszpasterzem o. Piotrem Napiwodzkim. Za plecami żarliwie modlących się studentów czytam: „Święty Rafale, Twoja wiara umocniła się w ogniu trudności i doświadczeń. Uproś nam silną wiarę, byśmy zrozumieli, że Bóg jest najwyższą wartością naszego życia i celem, do którego zdążamy. Uproś nam wiarę odważną, która by się nie załamywała trudnościami; wiarę radosną, abyśmy ochoczo żyli dla chwały Bożej".

- Do Czernej przyjeżdżamy po karmelitański spokój, który cechuje tutejszych zakonników - mówi Michał. - Zatrzymujemy się tutaj zawsze podczas pielgrzymki akademickiej z Krakowa do Częstochowy - dorzuca o. Piotr. - Mnie z Karmelem łączy - zamyśla się Marcin - duchowa siostra św. Rafała, św. Teresa od Dzieciątka Jezus. Ona powiedziała kiedyś: „Chcę kwitnąć tam, gdzie Bóg mnie zasiał", to znaczy, że gdziekolwiek się znajdę, chcę dawać świadectwo wiary...

- Obserwuję odwiedzających nasze sanktuarium pielgrzymów - mówi o. Albert od Matki Bożej, przeor czerneńskiej wspólnoty. - Ci ludzie są spragnieni ciszy i wsparcia duchowego. My, zakonnicy, jesteśmy może w lepszej sytuacji, bo od wrzawy świata odgradza nas klasztorny mur, a ponadto żyjemy w pewnej dyscyplinie w tej kolebce karmelitańskich powołań, w atmosferze kultu Matki Bożej i św. Rafała, który dla wielu z nas jest uosobieniem braterskiej miłości i bogomyślności. Cnotę miłości Boga i bliźniego posiadł w stopniu najwyższym. Potrafił nawet brać odpowiedzialność za cudze winy jak Baranek Boży za grzechy świata. Tę jego postawę próbujemy naśladować. Wprawdzie nie żyjemy już w eremie, ale nasze prawdziwe życie zakonne toczy się według reguły pochodzącej sprzed ośmiu stuleci. Tylko niektórzy zakonnicy są oddelegowani do opieki nad pielgrzymami i posługi kapłańskiej w domu rekolekcyjnym Sióstr Karmelitanek Dzieciątka ff Jezus, które z kolei pracują przy B naszym sanktuarium, m.in. jako organistki i zakrystianki. Większość zakonników żyje za klauzurą, która chroni naszą intymność - wyłączne poświęcenie się Bogu. Ten sposób bycia daje dobre owoce. Niewiele jest klasztorów w Polsce, które wydały na świat dwóch wyniesionych na ołtarze zakonników. Oprócz św. Rafała od św. Józefa mamy jeszcze bł. Alfonsa Marię od Ducha Świętego. W sierpniu 1944 roku poniósł śmierć męczeńską; w Nawojowej Górze został zabity przez Niemców. Strzelili mu w głowę, a nadto znęcali się nad dogorywającym ciałem: złamali mu kolbą piszczel, do ust nasypali ziemi z kretowiska. Był wielkim czcicielem Matki Bożej i tej maryjności uczę się także od niego - podkreśla o. Albert. - Przed wstąpieniem do zakonu nie bardzo wiedziałem, co to znaczy pobożność maryjna. Teraz wiem, że nasza miłość do Matki Bożej w żaden sposób nie przysłania Chrystusa, lecz ułatwia nawiązywanie z Nim relacji, utrzymuje w postawie gotowości i oddania...

Na granicy dnia i nocy - o 5.15 - budzi nas brat nowicjusz pełniący posługę tzw. pulsatora, czyli „nawoływacza". Kołacząc drewnianą kłapaczką, donośnym głosem rozlegającym się po klasztornych korytarzach wzywa: „Niech będzie pochwalony Jezus Chrystus i Jego Matka, Maryja Dziewica. Na modlitwę, bracia, na chwalenie Pana wstawajcie!" Nawet przełożony nie może się ociągać - żartuje ojciec przeor. - Ta dyscyplina klasztorna również chroni nas przed światem, żebyśmy jako zakonnicy nie utracili wolności... Myślę o tym często, gdy Kompletą kończy się dzień. Gdy wszyscy udają się do cel i obowiązuje już całkowite milczenie, chodzę po sanktuarium i modlę się, aby nasi święci uchronili mnie przed rutyną, która jest najgorszym wrogiem życia wspólnotowego. W warstwie zewnętrznej nie różni się ono od życia w domach rodzin świeckich. Różnią nas tylko powołanie i charyzmaty. Charyzmatem karmelity jest relacja oblubieńcza z Bogiem; nie tylko trwanie w wierze, ale bezwzględna gotowość dawania o niej świadectwa. Nie zawsze to się udaje, ale nieważne są sukcesy. Im słabszy jestem, tym bardziej zależę od Oblubieńca. Te relacje nie mieszczą się w kategoriach świadomości. Wie o tym dwunastu kapłanów, pięciu braci po ślubach wieczystych, siedmiu juniorystów i osiemnastu nowicjuszy tworzących wspólnotę w Czernej.

Do Hoteliku Letniego nieopodal klasztoru br. Milan od Najświętszej Maryi Panny z Góry Karmel, jeden z trzech Słowaków we wspólnocie czerneńskiej, wnosi śniadanie. Szczęść Boże! Trochę tu chłodno - wita nas od progu. - Ale jest miło przy gorącej herbacie z cytryną - wpada zakonnikowi w słowo fotograf „Miejsc Świętych". - To się nadaje do reklamy: w chłodne i śnieżne przedwiośnia w Hoteliku Letnim w Czernej lubią mieszkać dziennikarze... i krakowscy studenci - żartuje br. Milan.

- Patrząc na nowicjuszy i młodych współbraci, widzę w nich radość zakonnego życia - stwierdza o. Rafał. - Wielu jest urzeczonych radykalizmem Rafała Kalinowskiego. Był jednym z filarów tutejszej reformy karmelitańskiej. Wspólnota czerneńska, istniejąca od 1633 roku, żyła właściwym sobie charyzmatem do czasów zaboru. W trudnej sytuacji politycznej, ekonomicznej i liczebnej życie klasztorne musiało się ograniczyć do zachowania podstawowej tożsamości. Ścisła obserwancja została nadszarpnięta. To bolało św. Rafała. Stanął więc na pierwszej linii radykalnego powrotu do dyscypliny klasztornej przejawiającej się w każdym ukłonie przed ołtarzem, w każdym pocałunku ziemi, w nakładaniu szkaplerza czy białych płaszczy na Mszę św. lub uroczyste Salve Regina przed obliczem Matki Bożej... w najmniejszym geście. Dewizą świętego była fidelitas - wierność w szczegółach. Aby reforma zapoczątkowana w 1880 roku mogła nabrać realnego kształtu, konieczna była taka wyraźna, niezachwiana pryncypialność. Dziś żyjemy tak, jak chciał św. Rafał, uwzględniając przy tym wskazania II Soboru Watykańskiego.

Zakonna rodzina karmelitańska dzieli się na karmelitów trzewiczkowych i bosych. Św. Teresa od Jezusa (urodzona w 1515 roku) zapragnęła jako karmelitanka życia bardzo wiernego charyzmatowi: surowego, jakie istniało u początku Karmelu jako zakonu. Dokonała reformy w gałęzi żeńskiej w 1562 roku, a sześć lat później jej syn duchowy, św. Jan od Krzyża, dzięki jej radom i wskazaniom zreformował gałąź męską. Do tego więc okresu, mimo różnych mniejszych reform, Karmel był jednolity, ale ten nowy radykalny ruch wewnątrzzakonny stał się wkrótce odrębną rzeczywistością. Zaakceptował ją generał zakonu i Stolica Apostolska. Jesteśmy więc zakonem podzielonym na dwie autonomiczne, aczkolwiek bratnie grupy - karmelitów bosych i trzewiczkowych. Karmel Bosy pragnie charyzmatycznie, mocniej być zakorzeniony w kontemplacji, choć podejmuje zadania duszpasterskie, a Trzewiczkowy niejako żywiej angażuje się duszpastersko. Karmelici bosi i trzewiczkowi pielęgnują jednak w swoich wspólnotach to, co łączy, mają bowiem jednego praojca duchowego - proroka Eliasza - i jedno dziedzictwo wyniesione z życia naszych pierwszych braci eremitów z góry Karmel, dopełnione i pogłębione m.in. w darze Szkaplerza Świętego. W istocie łączy nas prawie wszystko...

W tym roku obchodzimy 750-lecie Szkaplerza Świętego. W związku z tym pragniemy odprawić bardzo uroczystą nowennę przed 16 lipca - głównym świętem zakonu. Po raz trzeci organizujemy też w Czernej, tym razem 21 lipca, Ogólnopolskie Spotkanie Czcicieli Matki Bożej Szkaplerznej. Na ten wyjątkowy dzień chcemy zaprosić Episkopat Polski. Uroczystej Mszy św. przewodniczyć będzie kard. Franciszek Macharski, a kazanie wygłosi abp Stanisław Nowak, wielki czciciel Maryi. Podczas uroczystości jubileuszowych będzie okazja do przypomnienia zaproszonym gościom także ważkich wątków historii karmelitańskiej.

Nocą z 15 na 16 lipca 1251 roku Maryja, ofiarowując szkaplerz karmelitański - część naszej szaty zakonnej - przemówiła do św. Szymona: „Przyjmij ten szkaplerz dla siebie i wszystkich karmelitów; kto w nim umrze, nie zazna ognia piekielnego". Znaczenie teologiczne tych słów Maryi jest następujące: każda osoba z wiarą nosząca szkaplerz w jakiejkolwiek postaci (czy jako część habitu - szarfy opadającej na piersi i na plecach, czy jako szkaplerzyk - dwa kawałki sukna połączone tasiemkami, czy w postaci medalika szkaplerznego) zostanie uratowana od ognia piekielnego.

Od roku przy klasztorze istnieje Ośrodek Rodziny Szkaplerznej. O. Dawid od Najświętszej Maryi Panny koordynuje jego działalność, bowiem bractwa Rodziny Szkaplerznej istnieją w całej Polsce. Rozwijały się już po II wojnie światowej. Dużą grupą związaną z Karmelem jest laikat karmelitański - Świecki Zakon Karmelitów Bosych. Opiekuje się nim żyjący w tej wspólnocie o. Włodzimierz Maria od Św. Rafała, który jest jednocześnie jednym z radnych krakowskiej prowincji karmelitów. Wreszcie istnieje w Czernej dom macierzysty Świeckiego Instytutu Karmelitańskiego o nazwie „Elianum". Należą do niego osoby świeckie żyjące w normalnych warunkach swego stanu, ale prowadzące życie według duchowości karmelitańskiej. Wszystkie wspólnoty zostały zaproszone na lipcowe uroczystości do czerneńskiego Karmelu.

Karmel to sławione przez Biblię, wybrane przez Boga miejsce, to ogród Boży. Prorok Jeremiasz, w Jego imieniu, w drugim rozdziale swej księgi pisze: Wprowadziłem was do ziemi urodzajnej. Św. Hieronim tłumaczy: Wprowadziłem was do ziemi Karmelu (Jr 2,7) - ukazując odblask piękna i majestatu samego Boga. Nasi pierwsi bracia, gdy przyszli w okolice Czernej, ujrzawszy to przepiękne wzgórze pod przyszły klasztor, w porywie serca krzyknęli: „Bóg sam wybrał to miejsce". Serdecznie zapraszamy do tego świętego miejsca wszystkich pątników.